抑制されていた能力を解放した『紅の姉妹』のSu-37UBはレッドシフトラインに向かうBETA群を壊滅させるも完全に理性を失っていた。狂気に満ちたモーターブレードが、タリサの不知火・弐型2号機を襲う。サンダークが唯依に撤退を要請――唯依はサンダークの制止を振り切り、クリスカ達の暴走を止めるため武御雷で突撃をかける。
　撃破された2号機を回収し、戦線を離脱していたユウヤは、意識を取り戻したタリサに叱咤され、再び戦場へ舞い戻る。レッドシフト発動を阻止し、XFJ計画も完遂する。その上で『紅の姉妹』と唯依も救ってみせる――それがユウヤの選択だった。
　激しい戦闘の末、ユウヤは『紅の姉妹』を止めることに成功。そしてユウヤは知る。クリスカとイーニァが人格を崩壊させてまで守ろうとしたのは国家ではなく、ユウヤひとりだったということを……。
　ヴァレリオとステラ、インフィニティーズ、そして米軍部隊らの活躍により、テロリストの戦術機部隊は全滅した。基地内に侵攻していたBETA群も殲滅され、ユーコン基地を襲った混乱は幕を閉じる。
　翌日――ユーコン基地はテロの後処理が進められていた。新型機Su-47Eを前に野望を新たにするサンダーク。東アジアでの次なる任務に想いを馳せる"指導者"。ソ連側病院に搬送されたクリスカとイーニァ。米軍病院に入院した亦菲とタリサは一命を取り留め、レオンとユウヤの関係には変化の兆しが見え始める。
　そして――。本国への報告を終えた唯依は司令部ビル前で何者かに狙撃され、凶弾に倒れるのだった。