イブラヒム・ドーゥル中尉が指揮するアルゴス試験小隊に配備されたユウヤ・ブリッジス。そして彼の着任祝いと称して、『CASE:47』──"戦術機を使用するテロリストとの戦闘"を想定した汎用対人類戦術訓練プログラムが行われることになる。

　ユウヤ・ブリッジスとステラ・ブレーメルのA分隊に対し、タリサ・マナンダルとヴァレリオ・ジアコーザのB分隊という編成で『CASE:47』が開始される。ユウヤが搭乗するF-15E（ストライク・イーグル）とタリサのF-15・ACTV（アクティヴ・イーグル）による一進一退の攻防。そして上空から襲いかかるタリサ機を間一髪でかわしたユウヤは、着地点に撒いておいた発煙弾を発火させ、一帯に白煙を舞い上がらせる。そしてユウヤはタリサ機にトドメの突撃砲を撃ち放つのだが……。

　演習が終わり、基地へと帰還する途中、ユウヤは飛来する無数の標的機（ドローン）を撃ち落とすソビエト軍のSu-37（チェルミナートル）を目撃する。昨日、Su-37の凄まじい機動を見せ付けられたユウヤは、同機に搭乗するソビエトの衛士を挑発しようと、Su-37が追う標的機を1機狙撃してみせるのだった。

　そしてユーコン基地へと帰投するユウヤだったが、休む間もなく「プロミネンス計画」の最高責任者クラウス・ハルトウィック大佐の執務室へメカニックのヴィンセントと共に呼び出される。
「貴様たちをここに呼んだ理由、それは、今後アルゴス試験小隊が受け持つ、日米共同開発計画──『XFJ計画』について、色々と説明するためだ」
　そう告げた後、クラウス大佐はユウヤとヴィンセントに日本側の開発主任である日本帝国斯衛軍 篁唯依中尉と技術顧問のフランク・ハイネマンを紹介する。そしてユウヤたちは、クラウス大佐に導かれ、基地の地下数十メートルにあるハンガーへと案内されるのだが、そこにシートに覆われた謎の戦術機が姿を現わし……。